1919年五四运动爆发，于方舟立即投身于反帝爱国斗争的革命洪流。9月，他倡导组织了进步团体“新生社”，创办了《新生》杂志。1921年暑期，于方舟化名于绍舜考入南开大学，研究马克思学说并组织了马克思主义研究会。1922年，于方舟经李大钊介绍加入中国共产党。第一次国共合作时，于方舟代表直隶省出席了国民党第一次全国代表大会，当选为国民党中央执行委员会候补委员，并任直隶省党部执行委员。同年，在中共中央和地方区委领导下，主持成立了中共天津地方执行委员会，任书记。

　　1927年大革命失败后，党确立了实行土地革命和武装起义的方针，各地纷纷举行武装起义。10月，北方局制定了《北方暴动计划》，决定在京津地区发动大暴动。于方舟以中共顺直省委组织部部长身份领导了冀东第二次玉田暴动。在战斗中起义部队遭到反动民团包围，分散突围时在丰润县河流沙地区被敌人包围，不幸被捕。1927年12月30日晚，于方舟被敌人杀害，年仅27岁。